千年一遇的彗星之夜，愿望会实现...决心成为优秀神奇宝贝训练师的小智、梅和萧声，带着皮卡丘踏上了新的旅程。为了观看千年彗星的出现，我来到了Ens游乐场，遇到了魔术师巴特勒和黛安。在魔术表演中，萧声听到了轻微的哭声……是基拉祈，一个在沉睡的茧中沉睡了几千年的神奇婴儿，他能帮助人类实现他们的愿望。在千年彗星出现的那天晚上，如果你遇到一个有着纯洁心灵的伴侣，你就是苏醒。为了唤醒基拉祈，巴特勒要求萧声成为基拉祈的搭档，果然，基拉祈在万花筒的光芒下从苏醒来到了这里。虽然基拉祈只能呆上短短的七天，然后再次消失，第一次，他为自己的神奇宝贝取得了小小的胜利，但他非常爱基拉祈。雄心勃勃的魔术师巴特勒，知道基拉祈有神奇的力量，带走了基拉祈，并想利用他来实现他的愿望。巴特勒的愿望是什么？小智和萧声如何克服困难，成功营救同伴？萧声和基拉祈会面临什么样的困境？