在未来的世界里，感染了X病毒的邪恶一方将以其强大的红盾出现在地球的每一个角落。仅仅七天，地球的一半领土沦陷了。人们流离失所，住在最后一个保留地。国际科学技术局(ISO)的楠楠博士(岸谷五朗)发现，一块神秘的石头可以给特定的人以强大的力量，而力量增强的超级战士是阻止邪恶一方的最佳人选。之后格里芬·魏健(托里·松坂)、大月春(刚力彩芽)、大月金贝(滨田龙臣)、钟中龙(铃木良平)被ISO发现，经过许多常人难以想象的特殊训练，成长为科学忍者队对抗魔鬼党的战士。经过一场战斗，剑的老朋友乔治朝仓(克·亚矢乃饰)加入了进来，他们奉命保护逃跑的邪恶一方的首领伊利亚(中村实多饰)，以获得最后一次自杀计划的细节。面对这个凶猛的敌人，剑和乔治的心在悄悄地改变...