“深水代码”的故事发生在中华民国的上海海滩。梁军是一个与三教九流混杂在一起的特殊人物，游走于军事体制和黑市之间。在爱民医院的一次医疗事故中，遇到了失踪多年的青梅竹马的王。后来，在王的鼓舞下，经过组织的考验，成为一名坚定的无产阶级战士。他成功地协助上海地下运输站从上海向解放区运输了一批重要的药品和物资。最后，和王也获得了爱情。